在《药物学报》杂志上发表一篇新文章表明,蛋白质是基本的大分子,根据它们的构象动力学来执行功能。研究由蛋白质突变引起的构象变化是理解突变相关生理和病理过程机制的标准方法。
为了提高生物学实验的效率和降低实验费用,本文介绍了一种通过对AlphaFold2 (AF2)模型进行对抗性攻击来产生突变蛋白的方法。比较了AF2预测的对抗蛋白序列与野生型蛋白的结构变化。根据局部距离差异测试(lDDT), CASP14实验表明,通过替换、删除或插入仅仅改变三个残基,就会导致AF2预测的46.61分差异。
该方法被应用于跨膜脂质转运体SPNS2,以识别关键残基并提出潜在的替代构象,从而简化了结构确定和机制研究的实验阶段。